T-report z T-exkurze na téma "Drug Design" aneb navrhněte si vlastní léčivo může obsahovat stopy lískových jader

Kdyby vás někdo někam posílal v kampusu Masarykovy univerzity se slovy „však to najdete“, můžete ho ihned z fleku označit za lháře, podvodníka a bludičku, protože to prostě nenajdete. Zatímco do temného lesa se v noci vydávat bez průvodce je sebevražda, vydávat se bez průvodce do brněnského kampusu v jakoukoliv denní i noční hodinu jakéhokoliv ročního období se rovná jednosměrné jízdence do psychiatrické léčebny. V budově, kde běžné instrukce k dopravě z bodu A do bodu B obsahují pokyny typu „na 57. křižovatce zahni doleva“ nebo „jdi 400 metrů rovně po chodbě“, jsme my, účastníci T-exkurze, byli opravdu rádi, že jsme průvodce měli a že nás bezpečně zavedl na místo určení.
Kampus je tak rozlehlý, že byste se nedivili, kdyby se v nějakém zákoutí schovávala místnost plná počítačů s operačním systémem, jehož název je afrického původu, místnost plná zmutovaných tygrů či místnost plná extrémně silných elektromagnetů. A právě do takovýchto místností jsme se podívali. Teda, ne do té se zmutovanými tygry, ale zpoza jedněch dveří jsem slyšel takové divné vrčení...

Nejprve ze všeho v malé místnosti s vysokou hustotou svobodného softwaru na metr čtvereční proběhl malý workshop, při kterém se celá skupina nás, T-studentů (říká se tomu tak, ne?), rozdělila na čtyři T-podskupiny a každá z nich vypracovala T-miniprojekt o nějaké T-nemoci (ne, to už jsem asi přehnal). Dozvěděli jsme se spoustu zajímavých informací o čtyřech více či méně běžných nemocech, a o jejich léčbě různými chemickými látkami, přičemž nejdůležitější informace byla, že žádnou z těchto nemocí nechcete chytit.
Další program se skládal ze dvou částí: první z nich byla přednáška na téma „počítačová vizualizace chemických látek a molekulové dokování“, která byla doplněna i praktickou částí, a přednášky na téma „bolest“, která naštěstí nebyla doplněna praktickou částí.
Přednáška na téma „bolest“ si kladla za cíl osvětlit mechanizmus bolesti a ukázat, jak se dá bolesti bránit. Tedy, jak se bránit již probíhající bolesti, neboť tady nejsme v USA, abychom lidem vysvětlovali, že polít se vřelou kávou bolí.
Naučili jsme se, že existují tři typy bolesti, a že úder nažhaveným páčidlem natřeným wasabi omáčkou vám zprostředkuje všechny tři typy naráz. Dále jsme se naučili latinský název pro látky zodpovědné za přenos impulzu bolesti, veřejnosti známé jako „týpci na motorkách z Byl jednou jeden život“. Nejdůležitější ale byl samotný receptor impulzu bolesti („garáž pro týpky na motorkách“?), kde se dají provádět všechny možné psí kusy s „tlumením bolesti“. Naučili jsme se o různých látkách tlumících bolest („týpkovi někdo zamknul garáž“), z nichž některé jsou dokonce legální, i o jejich případných vedlejších účincích (týpek na motorce je naštvaný, že mu někdo zamknul garáž, a... tahle analogie se vymyká z ruky).
Druhou částí bylo střetnutí dvou světů, a to světa kybernetického a chemického. V jednom rohu ringu stály chemické molekuly a v druhém se nacházel svobodný software, připravený je násilím vizualizovat a nadokovat. Sudí pískl začátek prvního kola a já bych už dnes raději neměl vymýšlet žádné analogie.
V teoretické části jsme se dozvěděli o dokování molekul, což je způsob, jak zjistit, jakým způsobem a jak se na sebe budou dvě látky vázat (měl jsem připravenou hezkou analogii s kostičkama Lego, ale slíbil jsem, že přestanu), a o různých modelech dokování, jako jsou „zámek a klíč“, induced fit – „ruka a rukavice“ a „conformational ensemble“, pro kterou neexistuje analogie, a já ji vymýšlet nebudu, protože jsem to slíbil.
Následovala praktická část. Všichni T-studenti se ihned T-přesvědčili, že práce s programem PyMol (jak známo, všichni autoři programů napsaných v jazyce Python mají tendenci jejich název prefixovat řetězcem Py-, stejně jako autoři programů v Javě mají tendenci vše prefixovat j-, programátoři v C# vše postfixují -.NET a programátoři v Lispu neprefixují ani nepostfixují nic, protože mají moc práce s hledáním zapomenutých závorek) není nic lehkého (to je ten ten problém dlouhých závorek, doprostřed do věty je vložená nějaká opravdu dlouhá informace a když si závorku celou přečtete, tak už jste zapomněli, jak vlastně zněla původní věta, jejda, udělal jsem to zase), naštěstí jsme ale dostali zalaminované čít šíty, což je fensy wej jak pojmenovat taháky in ingliš, abychom si připadali jako bosové a né jako lůzři. I s touto pomůckou však šlo ovládání programu dost těžkou, vzhledem k tomu, že hlavní filosofie free-as-in-free-speech-not-as-in-free-beer programů zahrnuje otevřený zdrojový kód, svobodu nakládání s programem a co nejméně intuitivní uživatelské rozhraní.
Poslední část byla čistě samostatná, ve které jsme pracovali s programem AutoDoc VITA, který úzce spolupracoval s programem PyMol (v Linuxech všechny programy úzce spolupracují, což je důvod, proč vám po přeinstalaci programu pro přehrávání videa přestala fungovat kalkulačka), a soutěžili jsme, kdo dříve v uživatelském rozhraní najde správné tlačítko, a kdo vyfasoval rychlejší počítač, neboť prováděná operace byla ne nepodobná násilnému lámání hesel.
Po vyhodnocení soutěže byly předány odměny a my se všichni vydali k podzemnímu pracovišti s elektromagnety, nikoliv k tygrům, jak si jistě mnozí přáli, a všichni jsme cestou zakopli o schodek uprostřed místnosti, který zde byl proto, aby umožnil přístup invalidům, a z nepozorných jedinců invalidy učinil.
V podzemním pracovišti jsme se dozvěděli, jak funguje obří elektromagnet, co všechno se dá dělat s obřím elektromagnetem a co všechno se dá dělat s obřím elektromagnetem, když se nikdo z vedení nedívá. Mimo jiné jsme se také dozvěděli, jak fungují supravodivé cívky, a že tekutý dusík je zázrak.
Poslední výzvou bylo najít cestu z kampusu pryč, načež jsme si mohli oddychnout, že jsme to celé T-přežili, a vydat se domů plní T-dojmů z T-exkurze a zklamání z toho, že jsme neviděli ani jednoho zmutovaného tygra.

Jan Pokorný, sexta